由传统产业转型资本密集、技术密集型产业，转向“大数据、网络型、智能化”背景下的知识密集、行业跨界、学科交叉的新兴产业及其业态，不仅深化了科技产业转型内涵、模式和方式，而且形成了独特的创造价值、时间价值等非传统发展路径。科技经济生态系统的技术边界、资源边界、市场边界、体制边界不断趋向模糊，跨界、跨行、跨学科的资源融合与创新系统进一步演化。其间，科技产业发展既得益于独有的创新驱动模式，也契合了产业转型升级与结构转型的合理节点及速度。与此同时，一些城市或地区创新驱动滞后，科技竞争力与产业转型呈现出“慢三步”态势。为此，必须通过破除发展瓶颈，寻找转型升级与结构调整的交集点，以区域创新和战略性调整，着力推进创新与产业、技术、资源、资产、资金等要素的系统整合，加快“府产学研资介”链接配套，实现产业创新和技术融合之间的有机对接，进而实现科技产业的供给侧及梯次转型升级。
一、创新驱动变化：非传统跨界与科技产业转型
研究证实，产业转型升级的过程是一个创新驱动与结构调整的过程。全球性创新驱动转型、结构调整从未间断过。进入新时期，全球经济发展再次进入科技创新和结构调整的阶段。在发展中国家或地区以布局扩展为中心，实施结构调整和转型升级时，发达国家新一轮的产业转型与结构调整，由传统产业转型资本密集、技术密集型产业，向“大数据、网络型、智能化”的知识密集、行业跨界、学科交叉的新兴产业及其业态转型发展。科技经济生态系统的技术边界、资源边界、市场边界、体制边界进一步趋向模糊，形成了跨界、跨行、跨学科的资源融合与创新系统演化。一些跨国企业充分利用率先进入数字化、网络化的超前优势，从直接生产制造领域转向以输出知识产权、专利技术、品牌服务为主的委托研发、生产加工、资源重组等。有关研发、生产、制造、研发及零部件配套等，开始向全球范围实施转移或外包。
这一阶段，伴随着“大数据、网络化、智能化”的创新发展模式在国内外的推行、实践与扩散，依靠个人或数人的主流研发模式的愈发成效式微。在大数据、网络化的背景下，产学研资介的生态系统和外部环境之间的边界日趋模糊，信息共享与知识溢出，成为创新生态系统中合作竞争与协同演化的主要方式之一。“大数据、网络化、智能化”的系统创新模式及其在产业转型发展中的实效，使科研成果转化与产品开发的融合性、信息化、集聚度越来越高，一个最终科技创新产品，往往依托多学科人才资源的跨界合作，以及数百项甚至成千项专利、技术的集成，上万件零部件组装配套链接，构成了系统复杂的科技成果商品化、产业化、市场化的全过程。它印证了科技创新和产业创新的能力，不仅取决于具备扎实专业知识的科技人才的培养、资金投入的强度以及科研项目的组织、管理与协调能力，而且越来越取决于系统创新及产业创新生态体系的建立。
这样的系统创新模式和发展路径，以及产业创新生态系统的演化带来的转型结构性变化，使沿袭传统研发、生产、销售模式的产学研合作模式始料不及。一些固守传统科技研发运作模式的研究机构、产业部门，一方面要依靠以研发创新推动科技产业的快速发展，一方面存在着出口高科技产品由外资企业或合资企业生产，而关键零部件又需要大量进口的现象。多数产业和产品集中在附加值较低的环节。就我国科技产业情况来看，一些名为科技企业但没有知识产权及专利，产品售后利润偏低，企业无力进行研发投入和技术升级，难以加速先进技术对传统产业的升级换代，满足市场需求的变化，促进经济持续健康地增长。为追寻短期利润和产品附加值，一些企业在难以获高附加值、高科技项目的情况下，采取机会主义的态度，蜂拥而至进入投资市场、房地产市场及低价位产品市场，造成创新研发资金、资源与科技人才进一步流失。
二、创新驱动滞后：供给短板与科技产业转型
以创新驱动和空间结构调整为主线，我国形成了产业转型与结构调整的一系列重点领域。从我国沿海城市或地区来看，多数以创新驱动与产业转型升级为重点，主要集中在科技含量高、附加值高、有市场潜力的电子信息、生物工程、新材料、环保装备、轨道制造等领域。按照国际产业结构调整和科技转移的趋势来看，这些科技产业领域将通过创新驱动转型战略的实施得到迅速的发展，并已形成了新的利润增长点和新兴产业替代群。期间，由于各地加快“转方式、调结构、惠民生、促改革”，在推进产业竞争过程中寻求产业创新的“富矿区”，为抢占科技产业发展的制高点，推进传统产业转型升级的同时，出现了战略性新兴产业发展一窝蜂、乱弹琴现象，在传统惯性思维的发展规划指导下，多数城市或地区的产业重点相似、类型趋同，布局重叠、结构相像。
当然，从现状分析来看，一些城市或地区虽然科技产业结构趋同，但供给层次不同,转型升级效率不同，科技成果供给可以做到“同类不同项，同项不同质，同质不同利”，迅速进入科技产业的前沿竞争领域，以补短板赚取高于社会平均利润的高利润。由此可见，科技产业发展虽然具有多种竞争因素的制约，但还得益于独有的创新驱动战略、模式及路径，以及科技产业转型升级与结构转型的合理节点及速度。相比而言，一些城市的创新驱动滞后，科技竞争力与结构转型难以协调发展，存在亟待解决的一系列症结。这些城市或地区，不仅由于决策失误引发创新生态出现系统性瓶颈，而且发展战略脱节于“补短板、调结构、促升级、推重组”。一些城市创新战略定位仍然是依托另类形式的粗放性扩张，产业转型发展并非紧密依靠存量调整与供给侧改革，而是热衷于惯性投资扩张，虽然有短期的扩张速度和规模，但发展质量不高。从整体上来看，真正在产业布局、创新结构中以战略性新兴产业为主导，具有规模经济效益的高科技、高附加值、高市场占有率的“补短板”项目还较少。
三、创新驱动推力：瓶颈破除与科技产业转型
实现创新驱动、科技产业转型升级与结构调整，国际上通常是依托国内外创新资源，将科技园区（圈）做强、做大，促进科技产业转型与结构调整。同时借助创新全球化和科技产业本土化，在研发创新、生产基地布局之机，合理引进科技产业项目，形成新的产业支柱和发展布局，促进科技产业结构升级。从我国沿海城市或地区来看，尽管有其一系列比较优势和特点，但在转型发展方面，均具有明显的短板或弱项。其原因是，虽然国家出台了一系列发展战略与推进政策，但落实到某些地区及领域，一些战略性、全局性的问题依然是悬而未决，如战略定位、体制改革、评估标准、政策配套等问题。此外，有一些地方形式主义、自由主义和官僚主义作祟，对上华而不实，对下言不由衷，转型升级迟缓、服务方式落后，运作效率低下。这一系列发展瓶颈问题，导致战略不到位，政策不落地，制约了科技产业转型升级进度。
为此，要通过破除战略发展的瓶颈，积极寻找创新驱动、转型升级与结构调整的三位一体结点，以区域创新和战略性调整，着力解决创新与产业、技术、资源、资产、资金等要素的全面整合，加快府产学研资介链接配套，实现产业创新和技术融合之间的系统对接，构建以企业为主体、市场为导向、产学研资介相结合的创新体系，实现科技产业转型升级。通过科技企业的核心竞争优势，提升科技标准和产品技术附加值。以科技园区为核心的布局优势，实现“组织结构扁平，科学技术提升，产业链接拉长”，以科技引进、自主创新、成果孵化，进一步弥补产业项目短板、填平产业项目缺项，真正实现科技产业的做大、做强。同时，加快科技产业领域的链接衍生，推动科技产品结构调整，进一步提升产业结构优化水平。加快以市场效益、产品利润和成本为核心的科技产业转型与结构调整。
四、创新驱动发展：战略推动与科技产业转型
实现科技产业转型发展，要明确战略重点及任务，以人才资源整合、深化改革、资本运作等带动为基础，加快系统创新。在战略层次上，进一步推进科技产业转型与结构调整。
首先，围绕创新驱动合理配置人才资源。人才资源是创新驱动与产业转型升级的主要支持力量。实践证明，我国并不缺乏人才资源。亟待解决的是,如何围绕创新驱动、产业转型与结构调整，进一步提供良好的人才制度环境，扩大科技创新、产业创新等方面的人才的储备，通过人才资源的挖掘、整合及结构调整，合理地配置人才资源，有效地使用人才资源。
其次，以利润为中心加快科技产业转型。加快科技产业转型与结构调整的目的，并不是在低价格、低水平的产业粗放延伸与扩张，而是要在结构升级中做强、做大。由于我国科技产业存在创新研发、人才资源以及零部件配套等因素的制约，现阶段除了紧紧把握全球大数据、网络化、智能化的调整动向，利用差别优势加快科技创新、技术改造和引进科技大型项目，还应围绕科技产业，一是按照国内外市场的需求，推动优势企业转型升级，以科技创新、运行模式重塑、技术结构调整和技术升级；二是围绕具有市场优势的科技企业的研发、生产需求，进行相关下游配套产品的研发、制造和各项服务，实现企业技术、利润的水涨船高。
第三，以资本运作推动科技产业转型。科技滞后于产业发展，除了体制、人才、技术、环境等因素，很重要的原因是面向市场需求的成果转化、资本运作不到位。从加快科技产业转型与结构调整的角度，一些大型企业实施扩张战略，但其战略主要是在原有产业技术结构下的规模扩张。这些企业在原有产品的基础上以规模扩张是必要的，但以战略谋划、成果转化、资本运作，实现高端并购，迅速进入高科技产业领域尚有较大的差距。因此，实现科技产业转型与结构调整，必须积极拓展科技投融资运作的方式，在采取中外合作、独资等传统方式的同时，扩大股份制、并购、产权置换、风险投资基金等方式，推进科技企业转型发展，形成直接利用国内外资本的科技产业的增长点。
第四，以深化改革促进科技产业转型。在科技产业转型期，全球化、网络化竞争给科技创新带来新的动力和挑战。全球化、智能化、网络化作为竞争的一种态势，越来越在争夺科技经济权益、高技术产品市场份额和产业结构调整中发挥重要的作用。因此，要抓住创新驱动与转型升级的契机，进一步深化政府体制改革，以环境资源优势逐渐取代政策资源优势。